Bahagian Kejuruteraan Jentera mempunyai 10 unit yang terbahagi kepada 2 bahagian kecil iaitu bahagian Powered Passenger & Locomotive dan bahagian Non Powered Passenger & Freight. Unit-unit yang tertakluk di dalam bahagian Powered Passenger & Locomotive ialah Unit Mekanik, Unit Fitting & Erecting, dan Unit Pengendalian Tanjung Aru, Unit Pengendalian Beaufort dan Unit Pengendaian Tenom. Unit yang tertakluk di dalam Non Powered Passenger & Freight ialah Unit Elektrik, Unit Boiler, dan Unit Carriage & Wagon . Manakala Unit Pelan dan Unit Perkeranian adalah masing-masing berasingan.

Bahagian Kejuruteraan Jentera di ketuai oleh Ketua Jurutera Jentera, En.MD Zainin Bin MD Layer, Jurutera Jentera Gred J44 berkelulusan Sarjana Muda Kejuruteraan Jentera dari Universiti Teknologi Malaysia. Beliau di bantu oleh seorang Jurutera Gred J41, En.Wellson Bahoi berkelulusan Sarjana Muda Kejuruteraan Mekanikal dari Universiti Malaya dan dibantu oleh 107 kakitangan pelbagai jawatan.